У 1939 годзе, напярэдадні Другой сусьветнай вайны а. Міхаіл Маскалік вярнуўся ў Германію працягваць свае студыі. У гады вайны ён нёс душпастырскае служэньне сярод дзясяткаў тысячаў беларускіх і ўкраінскіх ваеннапалонных з польскай арміі, якія апынуліся ў Баварыі. У ліпені 1943 году быў арыштаваны, некалькі месяцаў правёў у канцлагеры Заксенхаўзэн. Вызвалены ў красавіку 1944 году дзякуючы намаганьням Папскай місіі ў Германіі. Кароткі час працаваў пры Апостальскай візітатуры для ўкраінскіх грэка-католікаў у Берліне. Пазьней праводзіў душпастырскую дзейнасьць у Гільдэсгайме (Ніжняя Саксонія).
У пасьляваенны час стала пасяліўся ў Госьляры. Быў ініцыятарам заснаваньня і кіраўніком Беларускай харытатыўнай службы, якая дапамагала беларускім і ўкраінскім бежанцам у Нямеччыне, выкладаў у беларускай і ўкраінскай гімназіях ў Госьляры і Ватэнштаце, у лагеры для перамешчаных асобаў, дзе служыў літургіі і набажэнствы за беларускі народ. Як сьвятар, які апекаваўся беларусамі, належаў да Апостальскага экзархату для ўкраінцаў-католікаў візантыйскага абраду ў Нямеччыне, створанага папам Янам XXIII і непасрэдна падпарадкаванага Сьвятому Айцу. Займаўся таксама душпастырскай дзейнасьцю сярод украінцаў і беларусаў у парафіях Падэрборн, Аснабрук і Гільдэсгайм.
У 29 чэрвеня 1959 году ў Мюнхенскім універсітэце а. Міхаіл Маскалік абараніў доктарскую дысертацыю па беларускай літаратуры: «Янка Купала — пясьняр беларускага народу» (Janka Kupala. Der Saenger des weissruthenischen Volkstum. München. 1961), якая была выдадзена на нямецкай мове ў 1961 годзе як манаграфія.
Беларускі сьвятар і навуковец а. Міхаіл Маскалік памёр 25 верасьня 1965 году ў шпіталі сьвятога Бярнарда ў Гільдэсгайме. Пахаваньне яго адбылося ў Госьляры ў прысутнасьці ўкраінскага сьвятарства. Ад беларусаў прымаў удзел мітрафорны протаярэй а. Уладзімер Салавей.
На фота а. Міхась Маскалік з вернікамі ў Нямеччыне.