By Belkorpus Пасля смерці мітрапаліта Антонія Сялявы ў 1655 г. мітраполія заставалася без кіраўніка на працягу адзінаццаці гадоў, паколькі ваенныя абставіны перашкаджалі прызначэнню новага мітрапаліта. Ва ўмовах вайны дзяржава не абараняла ўніятаў і імкнулася зрабіць усё, каб не выклікаць гнеў праваслаўных. Фактычным выканаўцам абавязкаў мітрапаліта стаў Гаўрыіл Календа (1655-1674), якога кароль Ян Казімір у 1656 г. прызначыў загадчыкам мітрапалітавай маёмасці, аднак не хацеў зацвердзіць яго мітрапалітам, каб не раздражняць казакоў.
Тым часам у 1657 г. памірае Багдан Хмяльніцкі. Новым гетманам становіцца Выгоўскі, які 16 верасня 1658 г. падпісвае Гадзяцкую дамову з Рэччу Паспалітай, якая прадугледжвала ліквідацыю Уніяцкай Царквы ў трох рускіх ваяводствах (Кіеўскім, Брацлаўскім, Чарнігаўскім). Разам з тым, значныя грамадскія і царкоўныя правы павінна была атрымаць Праваслаўная Царква.
Зацвярджэнне гэтага пагаднення Соймам сведчыла пра тое, што Польшча была гатовая пазбавіцца ад уніятаў і мець справу толькі з праваслаўнымі.
Лацінскія польскія біскупы ў гэты ж час спрабавалі пабудзіць Рым да ліквідацыі ўніяцкай іерархіі і падпарадкавання верных-уніятаў лацінскім біскупам. Яны “адмаўлялі тытулу ўніяцкім біскупам […], патрабавалі, каб тыя плацілі ім дзесяціну, адмаўлялі ў праве на асобныя духоўныя семінарыі, школы” і г. д. Каб абараніць Уніяцкую Царкву перад Апостальскай Сталіцай, Гаўрыіл Календа высылае ў Рым Холмскага біскупа Якуба Сушу. Папа Аляксандр VII зацвердзіў Календу мітрапалітам, і той пераняў поўныя правы кіравання мітраполіяй 13 верасня 1665 г. Папа таксама накіраваў ліст каралю Яну Казіміру, якім забараняў рабіць унію прадметам палітычнага гандлю.
Выхад Уніяцкай Царквы з арганізацыйнага крызісу супаў з паляпшэннем ваенна-палітычнай сітуацыі. Войскі Рэчы Паспалітай перайшлі ў наступ на маскоўскае войска, а правабярэжнае казацтва на чале з гетманам Паўлам Цяцераю змянілі сваё стаўленне да Уніі і пачалі разглядаць яе як “форму кампрамісу і магчымага “modus vivendi” (спосабу жыцця) для ўкраінскага насельніцтва”.
У 1667 г. паміж Рэччу Паспалітай і Маскоўскай дзяржавай было падпісана Андрусаўскае перамір’е, паводле якога Уніяцкая Царква страчвала Смаленскую епархію, паколькі Смаленск пераходзіў у склад Маскоўскай дзяржавы. Аднак была вернутая Полацкая архіепархія, якая да гэтага знаходзілася пад уладай маскавітаў. Важным станоўчым наступствам перамір’я ў наступныя гады стала аднаўленне прывілеяў Уніяцкай Царквы ў Рэчы Паспалітай.