15 лістапада 1878 года ў вёсцы Вітулін (сучаснае Падляскае ваяводства, Польшча) нарадзіўся Мелхіседэ…
Паходзіў з сям’і Льва Паеўскага — археолага, краязнаўцы і святара. Быў другім з дзевяці дзяцей, змалку дапамагаў бацьку ў храмавым служэнні. Вучыўся ў
Пасля вучобы стаў выкладчыкам Магілёўскай духоўнай семінарыі і заняў шэраг кіраўнічых пасадаў у манастырах і духоўных установах: настаяцель Магілёва-брацкага Богаяўленскага манастыра, архімандрыт Бялыніцкага манастыра, настаяцель Уладзіміраўскага манастыра ў Херсоне, кіраўнік манастыроў і вучылішчаў у Ноўгарадзе-Северскім, Уладзікаўказе і Тыфлісе.
У 1916 годзе быў хіратанісаны ў епіскапа Кранштацкага, затым стаў вікарыем Петраградскай епархіі, а ў 1919 годзе пасля вяртанна на Радзіму — епіскапам Слуцкім. У 1921 годзе прызначаны кіраўніком Мінскай епархіі.
У пасляваенныя гады Беларусь перажывала цяжкую сітуацыю: наступствы нямецкай і польскай акупацыі, антырэлігійную палітыку савецкай улады, канфіскацыю царкоўных каштоўнасцей і абнаўленскі раскол. Мелхіседэк заняў цвёрдую пазіцыю ў супрацьдзеянні абнаўленцам, хоць і трываў ціск з боку АДПУ.
10 ліпеня 1922 года па яго ініцыятыве адбыўся сход беларускага праваслаўнага духавенства, які абвясціў дэкларацыю аб аўтаноміі Беларускай Праваслаўнай Царквы. 23 ліпеня 1922 года мінскі епархіяльны з’езд абраў Мелхіседэка мітрапалітам Мінскім і Беларускім. Ён выступаў за выкарыстанне беларускай мовы ў царкоўным жыцці. Абвяшчэнне аўтаноміі савецкія ўлады палічылі контррэвалюцыйным крокам, пасля чаго супраць яго была заведзена крымінальная справа.
У 1924–1925 гадах праходзіў следства, быў абвінавачаны ў «ўтойванні царкоўных каштоўнасцяў», «антысавецкай дзейнасці» і «распаўсюдзе замежнай літаратуры». У 1925 годзе асуджаны да трох гадоў пазбаўлення волі і змешчаны ў Бутырскую турму. Вызвалены ў 1926 годзе.
Пэўны час падтрымліваў рух Грыгарыянскага расколу, але хутка пакаяўся. Быў высланы ў Сібір, адбываў пакаранне ў Марыінску, пасля вызвалення зноў арыштаваны і ў 1927 годзе адпушчаны з падпіскай аб нявыездзе.
У 1928 годзе ўзведзены ў сан архіепіскапа і прызначаны на Енісейскую і Краснаярскую кафедру. У Краснаярску служыў амаль штодня, але марыў вярнуцца ў Беларусь.
Памёр 17 мая 1931 года ў Маскве пры нявысветленых абставінах падчас богаслужбы. Першапачаткова пахаваны ў Кузьмінках, пазней яго прах перазахавалі на Праабражэнскіх могілках.
У 2011 годзе на будынку Інстытута тэалогіі БДУ ў Мінску (былым «архіерэйскім доме», дзе жыў Мелхіседэк) усталявана памятная дошка ў гонар архіерэя.