У красавіку 1918 г. пераехаў у Менск, дзе па даручэньні біскупа Зыгмунта Лазінскага арганізаваў духоўную семінарыю і стаў рэктарам. Актыўна выступаў за шырокае ўкараненьне беларускай мовы ў набажэнствы і жыцьцё каталіцкіх супольнасьцяў. 6 жніўня 1918 году з біскупам Зыгмунтам Лазінскім адправіў першую беларускую каталіцкую імшу ў Менску. Прамаўляў казаньні на беларускай мове ў капліцы Дабрачыннасьці (1918–1920). Увесну 1919 г. арганізаваў і праводзіў філасофскія канферэнцыі для менскай інтэлігенцыі, якія наведваў такскма беларускі паэт Янка Купала. Як філосаф і публіцыст супрацоўнічаў з беларускімі, польскімі і расейскімі рэлігійнымі і сьвецкімі выданьнямі.
Пасьля таго, як бальшавікі зачынілі Менскую духоўную семінарыю, вымушаны быў перабрацца ў Наваградак, а затым у Пінск, які стаў цэнтрам новай рыма-каталіцкай дыяцэзіі. Зьяўляўся пралатам Пінскай капітулы, быў духаўніком і выкладаў у Пінскай духоўнай семінарыі (1924–1926). Перад тым ён спрычыніўся да аднаўленьня будынкаў былога кляштару францішканаў, дзе разьмясьцілася семінарыя, і спадзяваўся, што там змогуць навучацца будучыя ўніяцкія сьвятары. У 1926 годзе а. Фабіян Абрантовіч прыняў рашэньне цалкам прысьвяціць сябе ўніяцкай справе. Ён пакінуў Пінск і ўступіў у Кангрэгацыю Айцоў Марыянаў у беларускім кляштары марыянаў у Друі.
Летам 1939 г. ён наведаў Рым, дзе браў удзел у генеральным капітуле Ордэну марыянаў. У жніўні пабываў у Варшаве, Коўне, Вільні, Друі і Наваградку. Пасьля распачацьця ІІ Сусветнай вайны меў намер накіравацца на Захад. На пачатку кастрычніка выехаў у Львоў, дзе сустрэўся з грэка-каталіцкім мітрапалітам Андрэем Шаптыцкім, біскупамі Ёсіфам Сьліпым і Мікалаем Чарнецкім. 17 кастрычніка 1939 г. мітрапаліт Андрэй Шаптыцкі на падставе дадзеных яму раней паўнамоцтваў заснаваў Беларускі экзархат Грэка-Каталіцкай Царквы. Падчас спробы нелегальна перайсьці дэмаркацыйную нямецка-савецкую мяжу 22 кастрычніка 1939 г. быў затрыманы і высланы нацыстамі на савецкі бок, дзе яго арыштавалі за «нелегальны пераход мяжы паміж СССР і Германіяй».
Спачатку Фабіян Абрантовіч знаходзіўся ў вязьніцы НКВД у Львове. У час сьледзтва зносіў катаваньні, яго прыносілі ў камеру зьбітага, скатаванага. У студзені 1941 г. яго перавезьлі ў Маскву і абвінавацілі ў антысавецкай дзейнасьці і шпіёнстве на карысьць Ватыкану. Доўгі час лёс яго быў невядомы. Сёньня ведаем, што 23 верасьня 1942 г. ён быў асуджаны на 10 гадоў лагераў і павінен быў быць высланы ў адзін з лагераў прымусовай працы ў Карагандзе. Пасьля прысуду, аднак, працягваў заставацца ў вязьніцы.
Памёр архімандрыт Фабіян Абрантовіч як вызнаўца веры 2 студзеня 1946 г. у вязьніцы на Бутырках у Маскве. Месца пахаваньня яго невядомае. Рэабілітаваны 24 сьнежня 1992 г. Вярхоўным судом Расейскай Федэрацыі.
У 2003 г. распачаты афіцыйны працэс беатыфікацыі Слугі Божага архімандрыта Фабіяна Абрантовіча.