1 красавіка 1579 г. кароль польскі і вялікі князь літоўскі Стэфан Баторы выдаў прывілей, паводле якога Віленскі езуіцкі калегіум рабіўся Акадэміяй. Першым яе рэктарам абралі тэолага Пятра Скаргу. Спачатку студэнты маглі вывучаць філасофію і тэалогію, а неўзабаве яшчэ і медыцыну, права, фізіку ды астраномію. Навучэнцы і выкладнікі былі выхадцамі пераважна з беларускіх земляў.
