В 647 году преподобный Максим вернулся в Африку. Там на соборах епископов монофелитство осуждалось как ересь. В 648 г. вместо “Экфесиса” вышел новый указ, составленный, по поручению Константина, константинопольским патриархом Павлом – “Типос” – “Образец веры”, который запрещал всякие рассуждения равно как об одной воле, так и о двух волях при признании двух природ Господа Иисуса Христа. Тогда преподобный Максим обратился к сменившему папу Феодора Римскому папе Мартину I (649 – 654) с просьбой вынести вопрос о монофелитстве на соборное обсуждение всей Церкви. В октябре 649 года был собран Латеранский Собор, на котором присутствовало 150 западных епископов и 37 представителей Православного Востока, среди которых находился и преподобный Максим Исповедник. Собор осудил монофелитство, а его защитники. Константинопольские патриархи Сергий, Павел и Пирр, были преданы анафеме.
Когда Констанс II получил определение Собора, он приказал схватить и папу Мартина, и преподобного Максима. Этот приказ был выполнен через пять лет, в 654 году. Преподобного Максима обвинили в измене отечеству и заключили в тюрьму. В 656 году он был сослан во Фракию, а затем снова привезен в Константинопольскую тюрьму. Преподобного вместе с двумя его учениками подвергли жесточайшим пыткам: каждому отрезали язык и усекли правую руку. Затем их сослали в Колхиду. Но тут Господь явил неизреченное чудо: все они обрели способность говорить и писать. Преподобный Максим предсказал свою кончину (+ 13 августа 662 года). В греческих прологах 13 августа указывается перенесение его мощей в Константинополь; оно могло быть приурочено к кончине преподобного. Возможно, что установление памяти на 21 января связано с тем, что 13 августа празднуется отдание праздника Преображения Господня. Над могилой преподобного Максима ночами возжигались три чудесно явленных светильника и совершалось множество исцелений. Преподобный Максим Исповедник оставил Церкви большое Богословское наследие. Его экзегетические труды содержат объяснения трудных мест из Священного Писания, толкования молитвы Господней и 59-го псалма, схолии к сочинениям священномученика Дионисия Ареопагита (+ 96; память 3 октября) и святителя Григория Богослова (+ 389, память 25 января). К экзегетике относится также объяснение Богослужения, озаглавленное “Мистагогия” (“Введение о таинстве”).
К догматическим трудам преподобного относятся: изложение его диспута с Пирром, несколько трактатов и письма к разным лицам. В них содержится изложение Православного учения о Божественной сущности и ипостаси, о Боговоплощении и об обожении человеческой природы.
“Ничто в обожении не есть произведение природы, – писал преподобный